Für Biber und Hornissen sind die Kreisverwaltungsbehörden als untere Naturschutzbehörden (Landratsamt oder kreisfreie Stadt) zuständig. Sie stellen darüber hinaus z. B. Bescheinigungen für den Handel mit EU-rechtlich geschützten Arten aus oder nehmen Haltungsanzeigen für besonders geschützte Tiere nach der Bundesartenschutzverordnung entgegen.

Ein- und Ausfuhrgenehmigungen erteilt das Bundesamt für Naturschutz.